与北京、上海、天津三个直辖市不同的是，重庆是大城市和大农村并存的有着特殊市情的直辖市,农村幅员面积占全市总面积的97%，农村人口占全市总人口的78.62%，这就决定了稳定、建设、发展“三农”是重庆市建设统筹城乡综合配套改革试验区的基础。
自去年以来，为支持重庆统筹城乡之基础产业农业（此指大农业，包括农、林、水等）发展，国家农业部、水利部、林业局、扶贫办等部委分别与重庆市政府签订了共建统筹城乡示范区合作备忘录，基本规划了重庆农业未来十年发展方向，部市合作共建统筹城乡示范区工作全面展开，重庆农业发展开始全面提速。
一、2008年8月13日，农业部与重庆市政府签订了《中华人民共和国农业部、重庆市人民政府共建统筹城乡现代农业示范区合作备忘录》
（一）工作目标。到 2012 年，粮食综合生产能力进一步增强，农业主导优势产业全面发展，重庆长江柑橘产业带基本成型，现代畜牧业示范区初具规模，三峡库区生态家园富民工程初见成效，长江流域（重庆段）和三峡库区渔业资源得到合理保护和开发，农业科技贡献率和机械化水平大幅提高，农产品流通体系逐步健全，主要农产品供给能力、农民收入水平、农村劳务经济、农业基础建设和农村改革在西部处于领先地位。到 2020 年，促进现代农业发展的机制体制进一步完善，现代农业发展成效明显，农村劳动力转移就业取得新进展，农业资源配置更加合理，土地资源利用率显著提高，城乡居民收入比缩小到2.5:1，城乡经济、政治、社会、文化、生态协调发展，高度融合，相互促进，农业农村主要经济指标步入全国前列，对其他省（区、市）在统筹城乡发展方面起到较强的示范带动作用。
（二）共建示范区的主要内容和重点任务
1.构建五大平台。一是建设重庆长江三峡柑橘产业带。二是建设现代畜牧业示范区。三是建设三峡库区生态家园富民工程示范区。四是建设现代农业科技示范区。五是建设农产品质量安全示范区。
2.主攻五大任务。一是加强基础设施建设。二是推进产业优化升级。三是促进农民转移就业。四是培育生产经营主体。五是改善农村生态环境。
3.深化五大改革。一是土地流转制度改革。二是农业投融资体制改革。三是农村产权制度改革。四是农产品流通体制改革。五是农业管理与服务体系改革。

二、2008年8月19日，国家林业局与重庆市政府签订《共建统筹城乡林业发展与改革试验区合作备忘录》
合作备忘录确定的工作目标是，到2012年，把重庆都市区建成国家森林城市。2017年，全市森林覆盖率净增12个百分点，林业总产值达到500亿元，率先在西部地区建成比较完善的林业生态体系、比较发达的林业产业体系和比较繁荣的生态文化体系。
为此，国家林业局和市政府将加强合作，加快林业生态体系、林业产业体系和生态文化体系的建设，加大科技支撑力度，加快森林“三防”体系建设和林业基础设施建设，全面深化林业改革，加强林业干部队伍建设，加大三峡库区对口支援建设。据悉，今后10年，我市将造林1000万亩，改造低效林1000万亩，2010年前完成林权制度和国有林场改革任务。

三、2008年3月11日，水利部与重庆市政府签订《共建统筹城乡水利发展与改革试验区合作备忘录》
《备忘录》包括工作思路及目标、共建主要内容和共建工作机制三大部分，可概括为“两大目标，八个加快”：
两大目标：2012年完成统筹城乡水利发展与改革试验区框架体系建设，基本解决城乡饮水安全问题，2015年全部解决城乡饮水安全问题；2015年初步实现城乡水利统筹协调发展，建成较为完善的城镇防洪体系，构建较为先进的水利信息化体系，率先在西部地区形成城乡水利统筹发展格局，为全国作出示范。
八个加快：（一）全面加快骨干水源工程建设。（二）全面加快综合防洪减灾体系建设。（三）全面加快农业灌溉工程建设。（四）全面加快水土保持生态及水资源保护体系建设。（五）全面加快三峡库区水利基础设施建设。（六）全面加快水利改革。（七）全面加快水利信息化建设。（八）全面加快水利干部队伍建设。
四、2007年11月14日，国务院扶贫办与我市签订备忘录，双方将共建统筹城乡扶贫开发示范区，并在以下方面达成共识：
首先，在提高扶贫开发水平方面，市委、市政府将积极探索建立城乡一体的标准、贫困人口登记制度、贫困对象甄别方法和有效扶持方式；国务院扶贫办指导和支持重庆开展扶贫开发政策和机制创新探索。
其次，在三峡库区贫困农村经济社会发展方面，我市将集中力量加大库区贫困农村的经济发展、生态保护和贫困农村移民生产生活安置的力度，积极探索特殊贫困类型地区的扶贫方式方法，探索建立重大项目贫困影响评估制度；国务院扶贫办高度关注三峡库区扶贫开发，尽快使重庆在西部地区率先消除绝对贫困。
第三，在贫困地区劳动力转移输出方面，我市把发展劳务经济作为农村第一经济，实现在2010年消除贫困家庭劳动力“零转移”的目标；国务院扶贫办视情况在我市建立海外劳务培训基地，协调大型劳务公司进驻重庆开展海外劳务培训输出，协调增加我市海外劳务输出计划，帮助我市贫困地区劳动力输出。
此外，国务院扶贫办和我市还在易地扶贫、扶贫资金管理、社会帮扶、构建“大扶贫”格局以及国家扶贫开发示范区建设等方面达成共识，力图使重庆成为全国扶贫开发的“样板”。